تغيّر كل شيء بالنسبة لجون ستونز في عام 2016 عندما غادر إيفرتون إلى مانشستر سيتي، وحل غاريث ساوثغايت مكان روي هودجسون كمدرب لمنتخب إنكلترا.
ومنذ البداية، أراد ساوثغايت بناء فريق يمكنه اللعب من الخلف، مع مدافعين يتمتعون بالهدوء في استحواذهم على الكرة، وفي وجود ستونز، كان لديه ما يريده بالضبط. ولم يكن الأمر سهلاً في يورو 2024، حيث وصل ستونز بعد معاناة من اصابة هددت مشاركته المبكرة، وربما نتيجة لذلك، كان أقل من أفضل مستوياته في دور المجموعات. وتحمل ستونز بعضاً من الهجوم حيثُ تمَّ انتقاد إنكلترا بسبب الاداء الباهت، وأصبحت تمريراته الجانبية والخلفية في النهاية مكاناً للسخرية على مواقع التواصل الاجتماعي لكنّ إحصائيّة أخيرة أفادت بأنّ دقة التمرير عند ستونز وصلت ل95%، وإعتبر ستونز أنّ دعم ساوثغايت لهُ في هذه البطولة كان سبباً في نجاحهِ ونجاح الفريق رغم الانتكاسة: "لقد غيّر ثقافتنا داخل الفريق وهو أمر صعب للغاية، نحن نعرفه كشخص ومدى الجهد الذي بذله هو وطاقمه في الغرفة الخلفية. نريد الفوز لهم ولأنفسنا وعائلاتنا والجميع في البلاد، لقد قدّمنا بطولة صعبة، ونريد إنهائها بأفضل طريقة."
